Η Μαίρη Μαργαρώνη σπούδασε Ελληνική Φιλολογία στο ΑΠΘ, στο Freie Universitat Βερολίνου και στο Αμβούργο Γερμανίας (1987-1991), Νοσηλευτική στην Κρατική Νοσηλευτική Σχολή Altona στο Αμβούργο (1992-1995), Γερμανική Φιλολογία στο ΕΚΠΑ και το Πανεπιστήμιο της Caen στη Γαλλία (1996-2000), Ιστορία, Αρχαιολογία και Κοινωνική Ανθρωπολογία (2000-2005) και Ειδική Αγωγή (2006-2010) στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας (ΠΘ). Έκανε μεταπτυχιακές σπουδές στην Ιστορία και την Κοινωνική Ανθρωπολογία στο ΠΘ (2004-2006), την Εκπαίδευση Ενηλίκων στο ΕΑΠ (2010-2013), τη Θεατρική Εκπαίδευση στο Ανοιχτό Πανεπιστήμιο Κύπρου (2011-2014) και την Ευρωπαϊκή Λογοτεχνία και Πολιτισμό στο ΑΠΘ (2011-2014). Είναι υποψήφια διδάκτωρ στη Σύγχρονη Κοινωνική Ιστορία στο Κέντρο Αντισημιτικών Ερευνών του Βερολίνου. Εργάστηκε στον χώρο της υγείας, της εκπαίδευσης και της έρευνας στη Γερμανία, την Ελλάδα και το Βέλγιο, ενώ από το 2012 είναι επικεφαλής ερευνήτρια στο Ινστιτούτο Έρευνας και Κατάρτισης Ευρωπαϊκών Θεμάτων. Τα επιστημονικά της ενδιαφέροντα και οι δημοσιεύσεις της εστιάζονται σε ζητήματα γλώσσας, εκπαίδευσης και κοινωνικού βίου μειονοτικών ομάδων.