Ο Χρυσόστομος Κιρκιλλής σπούδασε Διαχείριση Περιβάλλοντος και Φυσικών Πόρων με ειδίκευση στην Προστασία Φυσικού Περιβάλλοντος στο Πανεπιστήμιο Ιωαννίνων και ακολούθησε μεταπτυχιακές σπουδές στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών με ειδίκευση στη Χημεία Τροφίμων. Σε μεταπτυχιακό επίπεδο ασχολήθηκε με τον προσδιορισμό ιχνοστοιχείων σε βολβούς από την περιφέρεια Ασωπού και σχη γαρίδα Parapenaeus Longirostris από τη θαλάσσια περιοχή του νότιου Ευβοϊκού. Στα ενδιαφέροντά του συγκαταλέγεται εκτός των άλλων η μελέτη της ρύπανσης του περιβάλλοντος από βαρέα τοξικά μέταλλα.