Η Ευγενία Αλεξάκη γεννήθηκε στην Αθήνα. Σπούδασε Αρχαιολογία και Ιστορία της Τέχνης στη Φιλοσοφική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών και συνέχισε τις σπουδές της στο Βερολίνο, στο Ινστιτούτο Ιστορίας της Τέχνης του Freie Universitat Berlin από όπου έλαβε διδακτορικό τίτλο στην Ιστορία της Τέχνης το 1996. Ως υπότροφος του Ιδρύματος Fulbright (Fulbright Art Scholar 2011-2012, Columbia Univesity School of the Arts, NY) διεξήγαγε έρευνα σε θέματα διδακτικής της Ιστορίας της Τέχνης.
Έχει συνεργαστεί με δημόσιους και ιδιωτικούς πολιτιστικούς φορείς και έχει διδάξει στα Πανεπιστήμια Αιγαίου, Ιωαννίνων, Πατρών και στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών καθώς και σε Προγράμματα Επιμόρφωσης Ενηλίκων και Εκπαιδευτικών.
Σήμερα διδάσκει στο Ελληνικό Ανοικτό Πανεπιστήμιο και συνεργάζεται με το Ινστιτούτο Σύγχρονης Ελληνικής Τέχνης-iset.
Το 2013 συγκρότησε τη διεπιστημονική ομάδα publicarthistory.org με στόχο
την έρευνα σε μεθόδους διάχυσης της γνώσης για την τέχνη και την ιστορία της στην εκπαίδευση και το ευρύ κοινό.