Ο Νικόλαος Κ. Μαρκαντώνης γεννήθηκε στις Ελένες Αμαρίου του Νομού Ρεθύμνης. Σπούδασε στη θεολογική σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών και περάτωσε σπουδές το 1957. Κατόπιν εξετάσεων έλαβε υποτροφία της Deutcher Akademischer Austhausch Dienst (D.A.A.D.) και πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές στη Bonn και Koln.

Μελετώντας "εκ παραλλήλου" το "δίδυμο" Θεολογία και Φιλοσοφία στα κείμενα των πατέρων έκτου και έβδομου αιώνα οδηγήθηκε στο έργο του Λεοντίου του Βυζαντίου και στη "Μυσταγωγία" του Μάξιμου του Ομολογητού, επηρεασμένος, για το δεύτερο, από το έργο του Hans Urs von Balthasa, "Kosmische Liturgie", (das Weltbild Maximus des Bekenners, Einsiedeln 1962).

Δίδαξε σε γυμνάσια και λύκεια των Αθηνών και στην Εκκλησιαστική Σχολή Κρήτης. Το 1985 ανάλαβε σχολικός σύμβουλος θεολόγων και υποδιευθυντής στη Σχολή επιμόρφωσης λειτουργών Μέσης εκπαίδευσης (Σ.Ε.Λ.Μ.Ε.) Ηρακλείου.

Έχει διατελέσει πρόεδρος του Συνδέσμου Κρητών θεολόγων (1989-1993), και έχει τιμηθεί από τον Οικουμενικό Πατριάρχη κ.κ. Βαρθολομαίο Α΄ με το Σταυρό του Απ. Παύλου της Εκκλησίας Κρήτης.