Ο Στέφανος Μαλούτας γεννήθηκε και ζει στη Θεσσαλονίκη. Έχει πατρική καταγωγή από τη Βέροια Ημαθίας και μητρική από την Βησσάνη της Ηπείρου. Φοίτησε και έλαβε το πτυχίο της Ιατρικής από την αντίστοιχη σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου. Εκπόνησε διδακτορική διατριβή και εκπαιδεύτηκε στην ειδικότητα του χειρούργου οφθαλμιάτρου.

Ασκεί εδώ και πολλά χρόνια το λειτούργημά του στην Α΄ Πανεπιστημιακή Οφθαλμολογική Κλινική που εδράζεται στο Νοσοκομείο Α.Χ.Ε.Π.Α στη Θεσσαλονίκη.