Η Μαρία Πετράκη διετέλεσε συνεργάτις του Εθνικού Κέντρου Κοινωνικών Ερευνών (E.K.K.E.) με ειδίκευση σε θέματα κοινωνικής πολιτικής, ανάλυσης προβλημάτων ευαίσθητων κοινωνικών ομάδων και προβλήματα νεολαίας.

Υπήρξε μέλος της Επιστημονικής Επιτροπής του Ινστιτούτου Τοπικής Αυτοδιοίκησης (Ι.Τ.Α.) για την εκπόνηση μελέτης μεταφοράς αρμοδιοτήτων στην Πρωτοβάθμια Αυτοδιοίκηση.