Ο Γιάννης Στεφανίδης γεννήθηκε στις 8 του Μάρτη του 1941 στη Μαυροπηγή της Κοζάνης. Οι γονείς του, Πόντιοι πρόσφυγες, εντάχτηκαν στο ΕΑΜ. Από μικρός αντιμετώπισε την καταπίεση και τις διώξεις των κρατικών υπηρεσιών και των παρακρατικών οργανώσεων.

Προσπάθησε να μορφωθεί στη νυκτερινή Εμπορική Σχολή Θεσσαλονίκης και αργότερα στα νυκτερινά τμήματα μηχανολόγων της τεχνικής σχολής "Ευκλείδης".

Επαγγελματικά σταδιοδρόμησε σαν διεκπεραιωτής γραμματικός και λογιστής στα Λεμονάδικα και τη Λαχαναγορά της Θεσσαλονίκης. Εντάχθηκε στη Νεολαία της ΕΔΑ (Ν.ΕΔΑ) το 1961 και είχε πολύπλευρη πολιτική, συνδικαλιστική και πολιτιστική δραστηριότητα στις οργανώσεις της Ν.ΕΔΑ και της Δημοκρατικής Νεολαίας Λαμπράκη (ΔΝΛ) αργότερα.