Ο Αθανάσιος Στεφανής είναι πτυχιούχος της Φιλοσοφικής Σχολής Ιωαννίνων (τμήμα Κλασικών Σπουδών). Πραγματοποίησε τις μεταπτυχιακές του σπουδές στο Παρίσι με υποτροφίες του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών και του Κοινωφελούς Ιδρύματος "Α. Σ. Ωνάσης" στην Ecole des Hautes Etudes en Sciences Sociales. Τη διδακτορική του διατριβή με τίτλο" Le messager dans la tragedie grecque. Formes d’information et formes de falsification du message dans l’antiquite grecque" υποστήριξε το 1988 με Επόπτη Καθηγητή τον Pierre Vidal-Naquet.

Από το 1994 υπηρετεί ως ερευνητής στο Κ.Ε.Ε.Λ.Γ. Τα επιστημονικά του ενδιαφέροντα αναφέρονται στην αρχαία ελληνική τραγωδία, την κοινωνική και πολιτική σκέψη στην αρχαία Ελλάδα, καθώς και τη θρησκεία και μυθολογία των αρχαίων Ελλήνων.