Οι μοναχοί ανά τους αιώνες διαμαρτύρονται -δίκαια τις περισσότερες φορές- ότι οι επίσκοποι δεν συμπεριφέρονται απέναντί τους ως πατέρες, αλλά ως προϊστάμενοι και μάλιστα δυναστικά· ως εκ τούτου εύλογο είναι να αναζητούν ποικιλοτρόπως διεξόδους ανεξαρτησίας. Έτσι, κατά καιρούς συχνά αμφισβητείται η επισκοπική δικαιοδοσία επί των ιερών μονών και των μοναχών, οι οποίοι αναζητούν περισσότερη ανεξαρτησία έναντι των προϊσταμένων τους επισκόπων για την προαγωγή των μοναστικών ιδεωδών τους. Σπανιότερα οφείλονται σε μη ορθό εκκλησιαστικό και εκκλησιολογικό φρόνημα. Σ\' αυτό συντελεί η συχνά "δεσποτική" και καταδυναστευτική εποπτεία των επισκόπων, μολονότι κατά το άρθρο 6 Καν. 39/1972 όφειλε να είναι "πατρική και προστατευτική". Παράπλληλα παρατηρείται μερικές φορές και η παραθεώρηση της σημασίας του μοναχισμού, ακόμη και η υποβάθμισή του από μερικούς επισκόπους. Ωστόσο, τα όρια των σχέσεων των δύο θεσμών είναι ήδη από αιώνες αρκούντως ξεκαθαρισμένα. Η εποπτεία του Επισκόπου δεν είναι ούτε απεριόριστη ούτε ανεξέλεγκτη. Υπόκειται σε όρια και κανόνες όπως αυτοί διαγράφονται εξαντλητικά και περιοριστικά στα άρθρα 39 παρ. 2 και 6 ν. 590/1977, αλλά και στο άρθρο 6 παρ. 1 του Κανονισμού υπ\' αριθ. 39/1972. Οι νομικές αυτές διατάξεις δεν εκφράζουν τίποτα άλλο, παρά το γνήσιο πνεύμα των ιερών κανόνων και της κανονικής παραδόσεως. Πέραν αυτών οι επίσκοποι δεν έχουν καμμίαν άλλη δικαιοδοσία και τα μοναστήρια δικαιούνται να αυτοδιοικούνται, ρυθμίζοντας τα του οίκου τους.