Από το 1847 ο Μαρξ άρχισε να συνειδητοποιεί ότι η ανατροπή του καπιταλισμού, το μείζον πρόταγμα της νιότης του, προϋποθέτει την ορθή κατανόησή του. Κλειδί σε αυτή τη μετάβαση είναι η αλλαγή στάσης του Μαρξ στο status και τη σημασία της αφαίρεσης, τόσο ως τμήματος της επιστημονικής μεθόδου όσο και ως τμήματος της μεταφυσικής δομής της πραγματικότητας. Η αφαίρεση ως μέθοδος γνώσης μιας μη αισθητής, αλλά εξηγητικά αναπόδραστης, πραγματικότητας μετατράπηκε από επιστημολογικό εμπόδιο σε επιστημονικό εργαλείο. Όμως αποτέλεσμα αυτής της μεθοδολογικής αλλαγής είναι και μια οντολογική στροφή: το προϊόν της αφαίρεσης μετατρέπεται από φαντασιακό δημιούργημα του νου σε ενεργό τμήμα της πραγματικότητας. Γύρω στα 1848, ο Μαρξ διαπιστώνει ότι η μέχρι τότε εμμονή του στον νομιναλισμό εμποδίζει την ανάλυση της εργασίας ως γενεσιουργού αιτίας της παραγωγής του κεφαλαίου. Και άρα εμποδίζει την κατανόηση της θεμελιώδους και καινοφανούς ιδέας ότι το κεφάλαιο δεν είναι πράγμα αλλά σχέση. Οι διαπιστώσεις αυτές, σε συνδυασμό με τη διπλή αποτυχία των επαναστάσεων του 1848, κάνουν τον Μαρξ να επαναπροσδιορίσει τη σχέση μεταξύ της (επιστημονικής) κατανόησης του καπιταλισμού και της ανατροπής του. Το έργο στο οποίο αρχίζει ο επαναπροσδιορισμός είναι η μικρή μπροσούρα Μισθωτή εργασία και κεφάλαιο, το 1849. Σε ένα χαρακτηριστικό απόσπασμα από τον πρόλογο του μνημειώδους έργου του Το Κεφάλαιο, ο Μαρξ τονίζει: «Στην ανάλυση οικονομικών μορφών δεν βοηθούν ούτε τα μικροσκόπια ούτε τα χημικά αντιδραστήρια. Η δύναμη της αφαίρεσης πρέπει να τα αντικαταστήσει και τα δύο». Η σύγκριση της αφαίρεσης με το μικροσκόπιο δεν είναι τυχαία αλλά αποκαλύπτει πόσο σοβαρά παίρνει ο Μαρξ την αφαίρεση ως μέθοδο ανακάλυψης των μη ορατών διά γυμνού οφθαλμού οικονομικών μορφών. Όπως το μικροσκόπιο αναδεικνύει τον ρεαλισμό του Μαρξ για τη δομή της ύλης, έτσι και η αφαίρεση αναδεικνύει τον ρεαλισμό του ύστερου Μαρξ για τις αφηρημένες οντότητες. Συνεπώς, ο φαινομενικά παράδοξος υπότιτλος Η μεταφυσική της μεθόδου πρέπει να εννοηθεί κυριολεκτικά. Κατά τη μετάβαση από το αδημοσίευτο και ημιτελές χειρόγραφο του 1845, που ονομάστηκε Γερμανική ιδεολογία, στο Κεφάλαιο, ο Μαρξ εγκαταλείπει μια αντιμεταφυσική στάση όπου κυριαρχεί ο νομιναλισμός και προκρίνει μια ρεαλιστική στάση, σύμφωνα με την οποία η μεταφυσική θεμελίωση της μεθόδου της αφαίρεσης είναι απαραίτητη για την κατοχύρωση της αξιοπιστίας της ως επιστημονικού εργαλείου αποκάλυψης της πραγματικότητας πίσω από τα φαινόμενα.