Οι "Σκιές στο Νείλο" είναι ένα αριστοτεχνικό παραμύθι, ένα μυθιστόρημα για το καλό και το κακό καθώς και τις περίεργες μεταμφιέσεις τους, ένα έπος για την αγάπη, τα μυστήρια του χρόνου και την τραγωδία του πολέμου, μια μαγική οδύσσεια που καλύπτει περισσότερο από έναν αιώνα.

Μια ξάστερη νύχτα του 1942 η έκρηξη μιας χειροβομβίδας σε κάποια φτωχογειτονιά του Καΐρου σκότωσε επί τόπου έναν άντρα. Το όνομά του ήταν Στερν. Ήταν ένας μυστηριώδης διακινητής όπλων και μορφινομανής, του οποίου ο θάνατος θα έπρεπε να θεωρείται ήσσονος σημασίας εκείνες τις ζοφερές ημέρες - τις πιο μαύρες του αιώνα. Στο Μέτωπο της Ερήμου οι Γερμανοί συνέχιζαν την προέλασή τους πετυχαίνοντας τη μία νίκη μετά την άλλη και τα πανίσχυρα Afrika Corps του Ρόμελ βρίσκονταν πολύ κοντά στο να κυριεύσουν την Αίγυπτο και να αποκτήσουν τον έλεγχο της Μέσης Ανατολής. Κι όμως εν μέσω όλων αυτών, η Υπηρεσία Πληροφοριών των Συμμάχων δείχνει ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τον Στερν και φαίνεται να την απασχολεί πολύ το αίνιγμα του θανάτου του, που τελικά ίσως να αποβεί καθοριστικός για την έκβαση ολόκληρου του πολέμου. Όλο και μεγαλύτερες αλήθειες κρύβονται πίσω από το ερώτημα: για ποιον δούλευε ο Στερν; Ο φίλος του Στερν, ο Τζο Ο\' Σάλιβαν Μπίαρ, σε ένα κυνήγι για την αναζήτηση της αλήθειας, οδηγείται μέσα από τις φτωχογειτονιές του Παλιού Καΐρου σε ένα ετοιμόρροπο ξενοδοχείο, το Hotel Babylon, το οποίο κατά το παρελθόν λειτουργούσε ως οίκος ανοχής. Στο υπόγειο του ξενοδοχείου τον περιμένει ο Μπλέτσλι, ένας κατάσκοπος με κατεστραμμένο πρόσωπο. Στη ρεσεψιόν ένας γερασμένος αποτυχημένος ποιητής, ο Αχμάντ, ξεφυλλίζει τις στήλες των κοσμικών από εφημερίδες τριάντα ετών, ενώ ταυτόχρονα περιφρουρεί μια μυστική καμαρούλα. Με τη βοήθεια του Λίφι, ενός θλιμμένου κλόουν και ταχυδακτυλουργού, ο Τζο καταδύεται στο παρελθόν, κατορθώνοντας εν τέλει να αποκρυπτογραφήσει το μυστηριώδη κώδικα της ζωής του Στερν και να ξεδιαλύνει το πλέγμα των σκιών ενός χαμένου κόσμου...