Η κυτταρομετρία ροής στην καθημερινή κλινική-εργαστηριακή εφαρμογή χρησιμοποιείται για τη διάγνωση, την πρόγνωση και τη διερεύνηση της πορείας μιας ασθένειας. Είναι μια τεχνολογία που μετράει και έπειτα αναλύει πολλαπλά φυσικά χαρακτηριστικά πολλαπλά φυσικά χαρακτηριστικά από σωματίδια, συνήθως κύτταρα, καθώς αυτά περνούν από μια κυψελίδα ροής, μέσα από μια δέσμη φωτός. Με αυτόν τον τρόπο εκτιμάται αποτελεσματικά το μέγεθος, η διαφορετικότητα και το ανάλογο φθοριόχρωμά τους.

Τα σύγχρονα κυτταρόμετρα ροής έχουν τη δυνατότητα να αναλύουν χιλιάδες σωματίδια ή κύτταρα το λεπτό σε πραγματικό χρόνο και συγχρόνως να τα διαχωρίζουν και να τα απομονώνουν με συγκεκριμένη κατηγοριοποίηση. Θα μπορούσαμε να πούμε πως ένας κυτταρομετρητής ροής είναι όπως ένα μικροσκόπιο με τη διαφορά όμως, αντί να παράγει την εικόνα από ένα μόνο κύτταρο την φορά, έχει τη δυνατότητα να παράγει την εικόνα πολλαπλών κυττάρων ή σωματιδίων κάθε φορά, ακόμη και ιστών.